撰文：莫北

在之前的《如何绘制漂亮的网络图？》和《如何绘制“上流”的共发生网络图？》两篇文章已经介绍过网络图数据准备与个性化调整。

不过，有小伙伴又问啦，下面这篇文献中好看的网络图是如何绘制的？

其实绘制这样的网络图，完全取决于你数据“关系对”的特征。

通过观察上图我们可以发现，图中的6个“hub” 结点有大量的“独有”或“共有”的节点，而“hub” 结点两两之间的共有节点却较少。因此，数据符合这样的特征就可以绘制出这样的网络图。

下面就看下如何使用Gephi软件绘制这样的网络图，软件的安装方法请参考

基迪奥生物：生物信息工具 | 如何用Gephi绘制漂亮的网络图？​zhuanlan.zhihu.com

为了方便大家练习使用，本文的范例数据已经上传到OmicShare论坛。

下载链接：https://www.omicshare.com/forum/thread-6116-1-1.html

数据导入

网络图的数据文件一般有两个：边文件和点文件。

数据的准备方法请参考上述《如何用Gephi绘制漂亮的网络图》一文，这里不再赘述。

需要注意的是，本文的范例数据是我根据以上特征在Excel中杜撰的，仅作绘图练习，不具有生物学意义。并且我这里仅准备了边文件，如下图，如果想展示结点标签，需准备点文件。

通过File/Import spreadsheet导入边文件表格，如下。

在弹出的窗口中预览读入的“边文件”，一般直接点Next按钮即可。

接着，勾选需要导入的列，一些没有数据的空列可取消勾选，点finish按钮完成导入。

我们可以看到导入的网络共有1048个节点，1672个边，点OK按钮，在新的workspace中展示网络。

初始效果如下：

模块化展示

接着在窗口右侧的统计（Statistics）选项卡下计算网络的属性信息，比如，平均度（Average degree）和模块化指数（Modularity），参数保持默认即可，如下。

接着，调整点的颜色和大小。在Partition选项下，选择计算得到的Modularity的数据，对网络图进行按模块着色，得到下图的效果。

同上，在Ranking选项下，将点的大小与degree建立映射，手工调整结点的最大和最小尺寸，效果如下

布局调整

接着，调整网络图的Layout，这里将Layout改为Yifan Hu，参数保持默认，效果如下。

使用“抓手工具”可自由移动结点的位置，还可以使用“钻石工具”对中心位置的结点手动调整大小，整理后的效果如下：

由于数据量较少，网络图整体感觉偏瘦，导出效果如下：

当然你也可以试试ForceAtlas2布局，通过调节Gravity参数也可得到类似“朱缨花”的效果。下面是我先后使用Force Atlas、Fruchterman Reingold布局得到的效果。

如果想让中间的结点更集中一些，可使用“抓手工具”移动结点的位置，如下。

移动后的效果如下，这样的网络图更有“合欢花”的感觉。

在Preview预览窗口设置渲染参数，取消勾选弯曲(Curved)选项，调整满意后导出图片。效果如下：

关于这类网络图，我个人认为非常适合展示“从属”关系，甚至可以把它看作一种特殊的韦恩图，进而得到更广泛的应用。

好啦，今天的内容就到这里啦~有问题或者建议可以评论区找我~

参考文献:
Luo Y, Pang D, Jin M, et al. Identification of plant hormones and candidate hub genes regulating flag leaf senescence in wheat response to water deficit stress at the grain‐filling stage. Plant Direct. 2019;3:1–23.