利用R手动计算基于BH算法的FDR值
fdr padjust 统计计算
·
R代码：
p = S2_cluster0_da_peaks$p_val[1:8]
p
FDR1 = p*length(p)/rank(p)
FDR2 = p.adjust(p,method = "BH",n=length(p))
FDR1
FDR2
结果：
> p = S2_cluster0_da_peaks$p_val[1:8]
> p
[1] 7.085652e-13 3.675757e-12 1.973203e-14 5.998462e-16 2.103066e-11 4.881295e-14 1.768549e-18 1.376856e-13
> FDR1 = p*length(p)/rank(p) # fdr = p*m/k
> FDR2 = p.adjust(p,method = "BH",n=length(p))
> FDR1
[1] 9.447536e-13 4.200865e-12 5.261875e-14 2.399385e-15 2.103066e-11 9.762590e-14 1.414839e-17 2.202969e-13
> FDR2
[1] 9.447536e-13 4.200865e-12 5.261875e-14 2.399385e-15 2.103066e-11 9.762590e-14 1.414839e-17 2.202969e-13
>
可以看到，和内置函数计算的结果是一样的。
踩坑：
最开始搞成order函数一直达不到预期应改用rank（秩）
order：是计算排序后的位置索引，方便取值。
rank：是看原向量该值排第几。
sort(p)等于p[order(p)]
rank(p)等于order(order(p))
DAMO开发者矩阵，由阿里巴巴达摩院和中国互联网协会联合发起，致力于探讨最前沿的技术趋势与应用成果，搭建高质量的交流与分享平台，推动技术创新与产业应用链接，围绕“人工智能与新型计算”构建开放共享的开发者生态。
更多推荐
0
0- 0
已为社区贡献5条内容
所有评论(0)