GEO数据下载和寻找样本信息
·
可以进入到其ftp服务器
ftp://ftp-trace.ncbi.nih.gov/geo/
选择对应的gse编号的文件夹,然后下载。
关于样本名和详细描述的对应关系问题:
例如:哮揣和健康的RNASeq的测序数据:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE85567
其样本名为:AEC RNAseq_86b9_4119之类的编号格式,如果要详细了解样本信息,可以
点击Series Matrix File

下载:GSE85567_series_matrix.txt.gz 文件,打开后有一行!Sample_characteristics_ch1,描述了样本分组信息
其他参考:
GEO数据库中单细胞数据下载中断或太慢?多种下载/提速方法汇总
https://blog.csdn.net/zfyyzhys/article/details/148604556
DAMO开发者矩阵,由阿里巴巴达摩院和中国互联网协会联合发起,致力于探讨最前沿的技术趋势与应用成果,搭建高质量的交流与分享平台,推动技术创新与产业应用链接,围绕“人工智能与新型计算”构建开放共享的开发者生态。
更多推荐


所有评论(0)