一、任务描述

        通过Perl脚本实现单脚本，多任务，多步骤操作。步骤包括几何优化，AC产生10帧构象，对AC盒子进行几何优化，找到最低能量帧作为后续MD的模型，进行NPTMD，对MD后得到的轨迹文件进行分析（密度分析）。

二、脚本讲解

1.定义全局变量，提供用户输入参数。

        包括$docnum(分子文件个数)，$firstdoc(起始文件)，$forcefield(力场类型)，$loading(AC盒子中分子个数)

2.利用for循环实现多任务

3.循环体内实现多步骤，首先定义工作文件并执行几何优化

4.第二，几何优化完，使用AC模块装填50个分子，生成10帧随机构象

        在装填之前，先通过if条件语句判断AC模块中是否已有分子，因为在第二次任务进行时，MS的AC模块会保留第一个任务中加载的分子，如果里面有分子（component1），则删除。

        装填$loading个分子

5.第三，对得到的10帧构象进行几何优化，并找到最小能量帧

6.第四，找到最小能量帧，进行500ps的NPT系综下的MD

7.第五，对MD后的轨迹进行密度分析

三、总结

        ①通过自然数命名的手段可以实现多任务，但通过文件名称无法得知分子，当我们遇到这种情况时，可以采取将文件名存储在数组中，在循环体中逐个取出即可。

        ②对MD结束后的轨迹文件，可以进行多种数据分析，代码都不难写。