MIMIC全称是Medical Information Mart for Intensive Care, 是一个重症医学数据库。2003年，来自贝斯以色列女执事医疗中心(Beth Israel Deaconess Medical Center)、麻省理工(MIT)、牛津大学和麻省总医院的急诊科医生、重症科医生、计算机科学专家等共同建立的一个数据库。数据库包含重症，急诊，心电图，X-ray，notes等内容。以下部分为重症部分的数据部署可视化。

整个安装所涉及到的代码和软件可见网盘：通过网盘分享的文件：MIMIC_deployment
链接: https://pan.baidu.com/s/1_vtmbRSxZNMgCXPV1MFbpQ?pwd=pqk8 提取码: pqk8

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MIMIC数据库部署

Step1：安装PostgreSQL软件

• 下载安装包
  • 官网下载地址：知乎 - 安全中心
  • 网盘链接：如上
• 安装（更改软件安装地址和数据存放地址，不要放在C盘！！整个数据库的部署大概需要100G左右的空间）。安装过程可参考MIMIC数据库安装及数据导入教程 - 知乎
• 打开 SQL shell(psql) ，可在开始菜单栏进入

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显示如上则代表安装成功

Step2: 安装7-zip数据库

• 安装，并添加安装目录到系统环境变量中，具体可参考MIMIC数据库安装及数据导入教程 - 知乎

Step3: 安装MIMIC 数据库

• 数据下载：需要申请账号以下载，可参考教程如下：

  • MIMIC医疗数据库申请下载教程

• 部署代码下载：mimic-code/mimic-iv at main · MIT-LCP/mimic-code · GitHub

• 数据部署：打开SQL shell (psql)，逐步运行下述命令

DROP DATABASE IF EXISTS mimic_v1;

CREATE DATABASE mimic_v1 OWNER postgres;

# 进入数据库
\c mimic_v1;

# 创建表
\i D:/clinical_database/mimic-code-main/mimic-iv/buildmimic/postgres/create.sql

\set ON_ERROR_STOP 1

# 设置mimic数据存放目录
\set mimic_data_dir 'D:/clinical_database/mimic-iv-1.0'

# windows设置编码方式为UTF8
\encoding 'UTF8'

# 导入数据（这一步需要时间较长，几个小时左右）
\i D:/clinical_database/mimic-code-main/mimic-iv/buildmimic/postgres/load_7z.sql

# 创建主键跟外键
\i D:/clinical_database/mimic-code-main/mimic-iv/buildmimic/postgres/constraint.sql

# 创建索引
\i D:/clinical_database/mimic-code-main/mimic-iv/buildmimic/postgres/index.sql

Step4: 数据可视化-Navicat

• 安装navicat

  • 网盘地址：如上（安装包可见网盘，具体安装方法参考readme.txt文件中的网址）

• navicat连接数据进行可视化

• 数据库表格展示如下：

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Concepts导入

成功可视化MIMIC 数据库后，接下来就是官方衍生表格的生成。这里MIMIC也提供了一定的代码（concepts）以便研究者能更方便的使用。

Step1：采用git或者wsl方法运行该命令

# 进入目录D:\clinical_database\mimic-code-main\mimic-iv\concepts\
bash convert_bigquery_to_postgres.sh 
# 该命令将修改后的脚本输出到 postgres 子文件夹中。

Step2：打开psql，执行下述命令以完成部署

# 进入目录
\c mimic_v1;

set search_path to mimic_derived;

\encoding 'UTF-8';

# 切换到postgres-make-concepts.sql所在目录
\cd D:/clinical_database/mimic-code-main/mimic-iv/concepts/postgres/

# 部分sql语法不一致导致报错，导入函数保证sql代码正常运行。
\i postgres-functions.sql;

# 生成derived相关表格。
\i postgres-make-concepts.sql;

Navicat可视化页面如下：