单菌基因组数据分析 

工具详解

SRA公共测序数据的检索、下载

从公共数据库获取细菌基因组的测序数据

公共数据对细菌基因组的重要性及SRA使用

模式菌(流行病学、进化)与非模式菌(组装、注释)获取公共数据 (二代+三代)

从公共数据库中获取同一株菌的illunima、pacbio以及nanopore测序数据

更新 | 获取已知的参考基因组、草图、基因的参考序列

获取已知的参考基因组、草图、基因的参考序列

FastqQC+MultiQC整合二、三代测序质控报告

细菌WGS测序数据：质控、过滤、组装、评估

原核生物二、三代测序数据组装及评估-v1.0

三代测序数据的质控与过滤 - Nanopore

相同菌株不同测序方法的GC含量分布

细菌分离株组装后Contig的过滤与排序

细菌全基因组提取rRNA基因及物种鉴定

QUAST | 基因组组装的质量评估

如何合并多个NCBI-Bioproject的Metadata？

更新1 | 合并多个NCBI-Bioproject的Metadata

更新2 | 合并多个NCBI-Bioproject的Metadata

更新 | 经典MLST的理论与实践

经典MLST的可用物种及进化树展示

多位点序列分型 (MLST) 的理论与实践 (二)

细菌基因组 | 多位点序列分型的理论与实践(一)

原核生物遗传分析神器 - Snippy (一)

原核生物遗传分析神器 - Snippy (二)

原核生物遗传分析神器 - Snippy (三)

原核生物遗传分析神器 - Snippy (四)

ape (九) 基本和高级功能-几何/复合图形，自建函数

ape (八) 基本和高级功能-特定函数

ape (七) 基本和高级功能-分枝及进化树的注释

ape (六) 基本和高级功能-参数与选项

ape (五) 基本和高级功能

ape (四) 基于遗传距离的邻接树

ape (三) 树的写和读，根和外群

ape (二) 系统发育和进化分析及Face to Face 树

ape (一) 基于R的系统发育和进化分析 

如何绘制面对面 (Face to face)进化树

Spoligotyping | 间隔区寡核苷酸分型程序测试

吐血研究了3、4天，R包vimes到底在干嘛？

病毒也分簇？当然

在线工具 | SNP簇、传播簇、最小生成树

pairsnp包的安装、测试-2 | 热图展示、传播簇分配

SNP距离矩阵及阈值 - pairsnp包的安装、测试

R/Rtools/RStudio和基因组流行病学R包(phybreak/BORIS)的安装

进化树可视化工具一览

颜值神器Microreact-菌株进化树可视化、地理分布与时间轴

进化树本地/在线分析工具备忘

最大似然树 | RAxML详解 (三)

最大似然树 | RAxML详解 (二)

最大似然树 | RAxML详解 (一)

进化溯祖 | BEAST相关文档解读

进化溯祖 | BEAST软件安装的1个要点

细菌基因组 | BEAST简介及Linux版安装

从核心基因组到进化树溯祖：MEGA+BEAST+FigTree简单组合使用

浅谈BactDating进化时间分析的使用原则

进化树日期的测定与推断-BactDating

细菌基因组 | 最小生成树简介

细菌变异检测工具之间的假阳性比较

如何计算两两菌株之间的遗传距离？

细菌的起始与终止密码子

基因组圈图工具-1：Proksee简单测试

基因组圈图工具-2：Proksee引文解读

基因组圈图工具-3：Proksee解析gbk文件

5分钟绘制单菌基因组圈图，Proksee！

Proksee细菌基因组圈图，有哪些注释工具？

使用Prokka进行原核生物基因组快速注释(勿点，付费)

细菌基因组rRNA基因鉴定、物种分类、多位点序列分型、耐药及毒力基因鉴定(勿点，付费)

Roary泛基因组分析，FastTree系统发育，ggtree+treeio包/ImageGP进化树可视化(勿点，付费)

方法调研 | 动植物致病菌分离株WGS惯用分型及变异检测工具 (完)(勿点，付费)

汇总 | 基于全基因组测序数据的细菌分型方法

细菌分型(1) | 初识菌株分型理论与工具

细菌分型(2) | SNP vs. cgMLST，K-mer法，系统发育分析工具，致病性分型

细菌分型(3) | 可移动元件分型，质粒分型，噬菌体分型，转座子，抗生素耐药性分型，血清型预测，WGS分析平台，展望与总结

eggnog-mapper基因功能注释

snpEff所用gff文件的标准

破案了~使用eggnog-mapper进行基因组组装注释中的一个比较严重的错误

细菌基因组组装、注释与应用-snpEff利用FASTA和(eggnog-mapper的)GFF文件从头建库(1)

细菌基因组组装、注释与应用-snpEff利用FASTA和(eggnog-mapper的)GFF文件从头建库(2)

从头测序+重测序 | 利用细菌二/三代测序组装全基因组草图，注释，并应用于遗传分析

细菌基因组组装后的eggnog-mapper基因注释，坐标系及Gene Symbol映射，起始密码子类型统计

细菌基因组 | 基于全部可能的变异构建进化树

使用SIFT预测错义突变的有害性

基因组浏览器IGV的安装和图形解读

Jalview | 多序列比对软件的安装及使用体验

Jalview | 多序列比对图中显示序列标识

TORMES | 细菌二代测序数据分析综合工具

系统发育树可视化R包ggtree的安装问题

基因组变异的验证-Sanger测序拼接

预测基因突变对蛋白二级结构、结构域及翻译后修饰的影响

视频 | 一代测序拼接后寻找ORF

细菌基因组 | 利用DNAStar预测抗原表位

工作站性能测试—质控和比对

测序质控 Trim Galore 软件详解

BAM文件格式解读

视频 | 多重序列比对

MEGA | 多序列比对及系统发育树的构建

变异注释工具SnpEff详解

346个基因组可视化工具一网打尽！

利用IGV可视化基因组遗传变异位点

R语言基础

采用circlize包绘制Circos图

R基础包的6个高级绘图函数(boxplot|barplot|hist|pie|dotchart|coplot)

R语言常见统计分析

R语言简介、安装，R包的安装问题，R的绘图函数概览，par()及plot()函数详解

视频 | 基因组变异的验证-Sanger测序拼接

视频 | 一代测序拼接后寻找ORF

整合基因组学和蛋白质结构的致病机制分析

视频 | 蛋白质三级结构的变异致病性分析

基本概念

细菌基因组基本概念(一)

细菌基因组基本概念(二)

细菌基因组基本概念(一)(长文)

细菌进化的基本概念、研究方法

细菌系统进化树的理论、方法、基本概念

连载 | 基因组如何进化？(1) 序列保守性 人基因组统计

连载 | 基因组如何进化？(2) 变异的来源

连载 | 基因组如何进化？(3) 分子钟与祖先序列

连载 | 基因组如何进化？(4) 构树及分子钟快慢

连载 | 基因组如何进化？(5) 基因共线性

连载 | 基因组如何进化？(6) 基因组大小与重复序列

连载 | 基因组如何进化？(7) 推断古基因组序列

连载 | 基因组如何进化？(8) 非编码保守DNA

连载 | 基因组如何进化？(9) 人类进化关键区

连载 | 基因组如何进化？(10) 基因表达调控

连载 | 基因组如何进化？(11) 基因复制及其家族

连载 | 基因组如何进化？(12) 重复基因的分化

连载 | 基因组如何进化？(13) 珠蛋白家族历史揭示DNA重复如何参与生物进化

溯祖理论-1

溯祖理论-2

溯祖理论-3

溯祖及溯源方法详译

贝叶斯进化树原理简介

马尔可夫链-蒙特卡罗 (MCMC)理论

溯祖及溯源方法-2：相关数理统计

描述进化树的若干基本概念

分子遗传进化树的基本概念和原理 (三)

分子遗传进化树的基本概念和原理 (二)

分子遗传进化树的基本概念和原理 (一)

十分烧脑 | 菌株间的遗传距离与进化树

何为菌株之间的"成对遗传距离"？

Mtb菌外群M.canettii的基因组下载及TB-Profiler安装(二)

Mtb菌外群M.canettii的基因组下载及TB-Profiler安装(一)

Nature Reviews Genetics | 抗生素耐药性基于高通量测序的方法与数据库

遗传分析的1个麻烦 - 倍性

科普1个关于物种进化的趣识-生殖隔离

流行爆发监测-李斯特菌

文献速递

PNAS | 结核分枝杆菌的适应性进化

柳叶刀-微生物 | 细菌疫苗与血清型的协同进化-含群体大小贝叶斯天际线图

鲍曼不动杆菌的全基因组测序、耐药基因、院内传播及其分子依据

中国临床耐药奇异变形杆菌的全球系统地理学、基因组学特征 (上)

中国临床耐药奇异变形杆菌的全球系统地理学、基因组学特征 (下)

中国布鲁氏菌谱系的系统发育追踪非传统疫区病原体的来源及传播路径(上)

中国布鲁氏菌谱系的系统发育追踪非传统疫区病原体的来源及传播路径(下)

澳大利亚维多利亚州白喉杆菌的种群结构及耐药性

病毒全基因组测序与系统发育用于加拿大呼吸道合胞病毒的监测

新型真菌致病菌-耳念珠菌在城市传播的基因组分析(上)

新型真菌致病菌-耳念珠菌在城市传播的基因组分析(下)

转座子驱动的耐药基因传播 (上)

转座子驱动的耐药基因传播 (下)

解释rpoB基因的插入变异所导致的细菌耐药性

在英国对MRSA菌的纵向基因组监测，揭示了医院和社区的传播模式

水蚤染红致死菌 | 基因组圈图，GC skew，功能基因进化保守性、多样性

Cell | 鼠疫杆菌的进化及传播历史 (1) 前情与摘要

Cell | 鼠疫杆菌的进化及传播历史 (2) 研究背景

Cell | 鼠疫杆菌的进化及传播历史 (3) 单菌DNA的提取及捕获

Cell | 鼠疫杆菌的进化及传播历史 (4) 分类学分配及主成分分析

Cell | 鼠疫杆菌的进化及传播历史 (5) 古代及现代菌株进化树

Cell | 鼠疫杆菌的进化及传播历史 (6) 遗传距离及分子钟

Cell | 鼠疫杆菌的进化及传播历史 (7) 毒力基因的进化演变

Cell | 鼠疫杆菌的进化及传播历史 (8) 自然选择机制、dN/dS分析

Cell | 鼠疫杆菌的进化及传播历史 (9) 传播及宿主内进化

Cell | 鼠疫杆菌的进化及传播历史 (10) 讨论

Cell | 鼠疫杆菌的进化及传播历史 (11) 研究的局限性，数据和代码

Cell | 鼠疫杆菌的进化及传播历史 (12) 软件、数据库及古DNA采样

Cell | 鼠疫杆菌的进化及传播历史 (13) 古DNA样本测序、病原体筛选与鉴定

Cell | 鼠疫杆菌的进化及传播历史 (14) 古DNA宏基因组数据库构建

文献存档 | 易生信《单菌基因组数据分析》课程文献案例

细菌基因组测序、组装、进化 | 最新文献目录 2025/8/1~11/28 (上) 200篇

细菌基因组测序、组装、进化 | 最新文献目录期刊 2025/8/1~11/28 (中) 200篇

细菌基因组测序、组装、进化 | 最新文献目录 2025/8/1~11/28 (下) 136篇

最近文献汇总 (PubMed，细菌基因组，2025.1.1~4.20，全423篇)

1篇细菌基因组、1篇病毒基因组文献

柳叶刀 | 全球疾病与伤残主要因素调查

Nature | 古基因组揭示美洲梅毒螺旋体的悠久历史

如何进行农作物真菌致病菌菌株的遗传分析？

当细菌周围充满障碍物时，会游得更快、还是更慢？

从理论到实践，如何将全基因组测序应用于临床微生物诊断？

微生物学入门

原核生物有哪3个亚界？什么是真细菌、古菌？结构与特征如何？

物种分类学、分类键和二分法键

生命之树

认识生物系统的最佳高清图片之一

视频 | 细菌如何鉴定与分类？

细菌核糖体及基于rRNA的物种分类理论基础

细菌理论与科赫法则

视频 | 结核分枝杆菌如何导致结核病？

微生物总量、微生物学、感染与耐药

微生物的学科领域

细菌运输系统的“高能操作”，外排泵基因突变对病原菌生存的影响

细菌的代谢多样性及其分子基础(一)

细菌的代谢多样性及其分子基础(二)

细菌的代谢多样性及其分子基础(三)

细菌遗传学的分子基础

质粒的特征，染色体及质粒DNA复制的详细图景

细菌很小，可刻画其每个细节 | mRNA转录、启动子、操纵子、多顺反子、tRNA

细菌蛋白质合成、密码子、反密码子、信号肽、基因表达的正调控/负调控、反馈抑制

细菌遗传多样性 | 碱基替换/LOF与GOF/DNA诱变剂/密码子摆动/DNA重排发生的4个情形

微生物的生长、纯培养、选择及测量

微生物分类及命名，Strain的概念，伯杰氏手册，菌种资源，生命之树的研究历史

地球上最重要的生物过程：卡尔文循环 (一)

卡尔文循环 (二)，细菌的其它2个固碳途径，光能利用，叶绿素

光的采集者—光合色素

光合作用必然产氧？微生物如何利用氢/硫/亚铁离子/亚硝酸盐?

呼吸与发酵 | 细菌如何适应有氧与无氧？

微生物食物的分解与利用 (一)

微生物食物的分解与利用 (二)

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微生物的各种栖息地、物质循环、共生关系

变形菌门分类学位置、家族成员

沃尔巴克氏体以及除变形菌门外的其它革兰氏阴性菌

革兰氏阳性菌 | 厚壁菌门及放线菌

极端嗜热菌

免疫系统、炎症、先天性与固有免疫所涉及的细胞和分子类型

微生物与人体适应性免疫系统的对抗

抗生素、抗体和疫苗

(微)生物技术：DNA重组、PCR、克隆载体、限制性内切酶、连接酶

“超级”微生物？利用微生物替代农药、生产能源、冶金、清除环境污染

微生物病原体的监测、鉴定、控制，噬菌体型，血清型

云南蘑菇致幻"选手"

微生物学新前沿 | 全基因组测序、宏基因组、转录组等

合成生物学 | 细菌基因表达的调控、改造与应用

微生物相关疾病与应用，美参议院如何被炭疽杆菌袭击

完结篇 | 微生物与微生物学的十大用途

整理 | 细菌生物学及其遗传基础(一)(勿点，付费)

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其它

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每一个细胞都令人惊叹

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服务器网络基本知识 - DNS

CNS导读

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Cell 9-18 | 真核生物的进化起源；黄三文院士土豆进化研究；物种/器官进化/演化屡登顶刊

Nature 10-30 | 甘蔗基因组进化顶刊；自闭症及阿尔茨海默症的GWAS研究

Nature 10-16 | "DNA搜索引擎"MetaGraph；父母亲本遗传的相反影响

Science 10-16 | 两大期刊将禁用公共卫生/健康数据集论文；单一基因的变异对鸟类羽毛颜色的影响

Nature 10-23 | 如何成为一个好导师？遗传学可为演进中的社会提供助力

Cell 10-16 | 中科院遗传发育所封面；全基因组古代DNA数据揭秘匈牙利人的祖先来源

Science 10-9 | 肠道微生物群中的自然定向进化；线粒体DNA突变的遗传

Cell 10-2 | 史前牲畜与人传染病的细菌基因组研究；转录因子破坏DNA修复？序列保守性与疫苗新策略

Nature 10-9 | 肠道微生物延长生育期？GWAS发现新的疼痛基因；流行病学模型破解谣言

Cell 6.26 | 爱的离子通道；印度五万年进化史

Cell最新文章目录 2025.5.1

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Cell最新文章目录 2025.5.29

Science 6.26 | 肿瘤从神经细胞线粒体获能；肠道细菌递送药物；古DNA家系研究

Science最新文章目录 2025.5.1~15

Nature 6.19, Cell 6.12 | 饶毅专访；胎儿流产基因组研究；CoV-2祖先蝙蝠病毒起源

Nature 5.22~29 | CAR-T可能损害大脑；通用科学AI

Nature 5.15 | 韩国"海女"适应性进化；超灵敏cfRNA检测

Nature最新文章目录 2025.5.8

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学术生态

我的危机博士生涯

海外博士毕业后该不该回国？

中国科学发展的国家优先导向

不担心盗版，也不希望被盗版

知网涉嫌垄断被立案调查

罗翔: 雇人代写论文是否违法？

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遗传学及传染病故事

经典书 | 细胞的分子生物学

iMeta | 中国大陆SCIE收录期刊分析：多少本刊？发文多少？解决了多大内卷？

iMeta | 高影响力期刊iMeta扬帆起航(微生物组&生物信息)

饶毅<生物学概念与途径>遗传篇-孤独的天才

饶毅总结二十世纪中国生命科学八项重要研究

生物医药产业与投资，高等教育与科学技术投入

BBC | 面孔：20世纪传奇人物 (科学家，屠呦呦)

中国中医科学院屠呦呦当选美国国家科学院外籍院士

 易生信 单菌基因组数据分析 开课时间：2026-01-30 

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26年1月30号 | 单菌基因组组装、注释、遗传表征、分子分型、系统进化和传播溯源

报名通道：www.bic.ac.cn/Training