OmniPath 数据介绍

OmniPath 是一个综合性的生物信号通路数据库，由 Saez Lab 和 Korcsmaros Lab 开发。它整合了超过100个资源的数据，包括蛋白质-蛋白质相互作用、基因调控相互作用、酶-PTM（磷酸化修饰）关系等。OmniPath 数据库提供了对61个（不断增长中）资源的集成访问，涵盖了12189个蛋白质和复合物之间的120000个相互作用、18722个转录调控关系和3068个转录后调控关系。

OmniPath 功能

OmniPath 的主要功能包括：

1. 信号通路分析：OmniPath 提供了人类信号通路的全面数据，包括信号网络、激酶-底物相互作用、miRNA-mRNA相互作用和转录因子(TF)-靶相互作用。
2. 跨物种数据：OmniPath 不仅提供人类信号通路数据，还支持通过基因同源性将网络和调节子翻译到小鼠或大鼠。
3. Cytoscape 插件：OmniPath 提供了一个 Cytoscape 插件，允许用户直接从 Cytoscape 查询 OmniPath Web 服务器，实现信号通路数据的定制导入，并允许直接连接到其他应用程序进行进一步分析。
4. 数据管理：OmniPath 的 Python 库（pypath）能够构建数据库，自动将它们保存到 pickle 文件，并在后续会话中从那里加载它们。

OmniPath 数据用途

OmniPath 数据广泛用于以下领域：

1. 生物信号通路研究：帮助研究人员理解细胞内和细胞间的信号传递机制，这对于生物学研究的实验设计和分析至关重要。
2. 疾病机制研究：通过分析信号通路的异常，研究人员可以更好地理解疾病的发生和发展机制。
3. 药物开发：OmniPath 数据可以帮助识别潜在的药物靶点，并评估药物对信号通路的影响。
4. 网络分析：OmniPath 数据可以用于构建和分析生物网络，以揭示复杂的生物系统。

使用 OmniPath

安装 Cytoscape 和 OmniPath 插件

1. 下载并安装 Cytoscape 软件。
2. 打开 Cytoscape，点击 Apps，进入 App manager，搜索 OmniPath 并安装。

使用 OmniPath 插件

1. 打开 Cytoscape 软件，进入 OmniPath 插件，选择物种（Human、Mouse、Rat）。
2. 选择数据集，包括 Signaling networks、Enzyme-substrate interactions、miRNA-mRNA 与 TF-target interactions。
3. 完成选择后，点击 Launch query 开始查询，查询结果将在 Cytoscape 中可视化。
4. 导入网络后，可以使用其他应用程序选择性地将数据导入 Cytoscape 并执行网络分析。

总结

OmniPath 是一个强大的生物信号通路数据库，提供了丰富的数据和工具，帮助研究人员深入分析生物信号通路，理解疾病机制，并支持药物开发。通过 Cytoscape 插件，用户可以方便地查询和分析 OmniPath 数据。

指能将细胞外的分子信号经细胞膜传入细胞内发挥效应的一系列酶促反应通路。

分析信号通路对于理解生物过程背后的复杂机制至关重要，从文献中捕获有关信号通路的信息对于许多生物学研究的实验设计和分析必不可少。
OmniPath应用程序基本工作流程如下：

用户从预定义选项中选择数据库→OmniPath App根据输入构造查询，并请求访问OmniPath服务器→服务器返回交互，网络在Cytoscape中可视化→导入网络后，可使用其他应用程序选择性地将数据导入Cytoscape并执行网络分析。

Cytoscape及OmniPath插件安装
OmniPath源代码链接：https://github.com/saezlab/Omnipath_Cytoscape

OmniPath插件链接：http://apps.cytoscape.org/apps/omnipath

Cytoscape是一款免费图形化显示网络并进行分析和编辑的软件，下载地址为：https://cytoscape.org/，其最新版本为Cytoscape3.7.2：