rm(list=ls())
library(data.table)
library(Seurat)
###读取元数据
meta_data<-fread("data/GSE149614_HCC.metadata.updated.txt", data.table = FALSE)
##读取counts矩阵
scdata<-fread("data/GSE149614_HCC.scRNAseq.S71915.count.txt", data.table = FALSE)
library(Matrix)
ronames(scdata)<-scdata[,1]
scdata<-scdata[,-1]

text<-scdata[1:10,1:10]
scdata<- as.matrix(scdata)
scdata <- as(scdata, "dgCMatrix")

# 创建Seurat对象
seurat_obj <- CreateSeuratObject(counts = scdata, 
                                 project = "liver cancer", 
                                 min.cells = 3, 
                                 min.features = 200)
metadata<-seurat_obj@meta.data

###细胞的元数据（如样本信息、细胞类型、患者信息等）。
rownames(meta_data)<- meta_data[, 1] # 第一列是基因名
text<-meta_data[1:10,]
meta_data<- meta_data[, -1]  # 删除第一列

# 将元数据添加到Seurat对象
seurat_obj <- AddMetaData(seurat_obj, metadata = meta_data)

# 保存Seurat对象
saveRDS(seurat_obj, file = "seurat_obj.rds")