AMBER:使用Cpptraj计算RMSD 以及使用中遇到的问题
记录笨比生活又一天输入文件rms.in设置运行cpptraj遇到的问题1.cpptraj不输出结果2.空格的问题Tofirst:[空格]1-249&!@H= firstTofirst[空格]:1-249&!@H= first输入文件rms.in设置parm XXXXX.prmtop#载入拓扑文件trajin XXXX_prod.nc #载入轨迹文件rms ToFirst :1-13
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记录笨比生活又一天
输入文件rms.in设置
parm XXXXX.prmtop #载入拓扑文件
trajin XXXX_prod.nc #载入轨迹文件
rms ToFirst :1-13&!@H= first out rmsd2.agr
run
运行cpptraj
cpptraj -i rms.in
遇到的问题
1.cpptraj不输出结果
rms.in文件中应该加入run命令
这个还好 一下就看出了来
2.空格的问题
反复报这个错,人都疯了
最后!发现竟然是我一个空格写错了!!!
写成了
Tofirst:[空格]1-249&!@H= first
而实际上应该是
Tofirst[空格]:1-249&!@H= first
ps:自己何时才能改掉粗心大意的毛病
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