要是有gdc-client软件下载数据，需要以下三步才能完成：

1、GDC筛选检索下载需要数据的Manifest文件

TCGA改版后，下载方式变得大为不同，数据都整合在GDC（Genomic Data Commons）的DATA PORTAL中，网址：https://portal.gdc.cancer.gov/

建议大家先从Exploration页面筛选数据再到Repository页面筛选，最后下载Manifest文件，这里以乳腺癌表达数据Manifest文件下载为例给大家说明：

1）Exploration：在页面右边勾选自己想要的数据，然后点击 view Files in Repository，跳转到Repository页面进一步筛选.

2）Repository：在页面选项卡选择自己需要的数据，然后点击Manifest下载：

2、gdc-client软件安装和配置

1）下载软件地址：https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool，根据自己的操作系统下载对应的版本，这里下载windows版本。

2）将下载的软件解压，并放在一个自己好找的目录，例如我放在D:TCGA目录，并且把上面下载的Manifest文件也放在相同的文件夹：

3、使用gdc-client下载TCGA数据

1）方法，打开windows的dos窗口，并切换到刚才的目录：D:TCGA

方法2，将gdc-client.exe 文件所在的目录添加到windows环境变量中，方便命令行调用：

这个软件加入环境变量，如果以后想在任何一个路径简单使用gdc-client这个命令，那就需要把这个软件的路径加到环境变量。就是在Path加入刚刚软件所在的路径即可”。具体操作如下：打开电脑控制面板->系统和安全->系统->高级系统设置->环境变量->Path->“加入你的gdc-client所在路径” ，然后应用保存。

系统和安全

系统

高级系统设置

环境变量 编辑Path

Path添加：

由于gdc-client软件只能帮我们下载数据，数据的整理合并筛选等需要我们手动完成（借助perl或者python整理）。如果有R语言基础，这里推荐大家使用TCGAbiolinks下载整理数据：

TCGA数据下载-TCGAbiolinks包参数详解 - 组学大讲堂问答社区​www.omicsclass.com

组学大讲堂官方正版教程链接：

组学大讲堂​m.study.163.com

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