写在前面

本人新手哈,写的不好或若有些许错误,请自行判断或于评论区留言
写这篇博文的原因在于首先我通过qiime搞出的香农多样性的数值,看了一下多是3点多4点多的样子,看了一些中文教程,让我有了香农多样性就是应该在0-1的错觉,后面去检索了一下

首先是香农多样性的计算

参考链接如下:https://www.itl.nist.gov/div898/software/dataplot/refman2/auxillar/shannon.htm

根据count

这边n代表count的数目,k代表OTU的总数,fi代表这个OTU的count数

根据频率

pi代表OTU的频率

示例

来自链接的部分参考数据
链接的结果
R做的验证
这边log是ln,即自然对数,我用log2与log10都没得出对的结果

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