生信分析之数据处理（一）bcl2fastq

收到zip过的bcl2fastq rpm安装包，首先unzip安装包，再用rpm -iv example.rpm完成安装即可。看到其他教程需要配置环境，目前未做任何配置，可直接bcl2fasq -v启动程序。需要注意的是rpm包需要管理员权限安装。bclData数据rar解压缩 rar x data.rar /pwd/dir 后，执行以下命令即可完成bcl to fastqbcl2fastq -R

没用的阿Jee

3068人浏览 · 2021-10-19 10:53:35

没用的阿Jee · 2021-10-19 10:53:35 发布

收到zip过的RPM压缩包，unzip后进行安装，输入rpm -iv example.rpm 完成安装即可bcl2fastq了
收到zip过的bcl2fastq rpm安装包，首先unzip安装包，再用rpm -iv example.rpm完成安装即可。看到其他教程需要配置环境，目前未做任何配置，可直接bcl2fasq -v启动程序。需要注意的是rpm包需要管理员权限安装。

bclData数据rar解压缩 rar x data.rar /pwd/dir 后，执行以下命令即可完成bcl to fastq
bcl2fastq -R /pwd/bcldata -o /pwd/fastqdata -r 64 -p 64 -w 64 --no-bgzf-compression --no-lane-splitting --sample-sheet /pwd/SampleSheet.csv

发现可以用conda安装
conda install -c dranew bcl2fastq