初学者在学习过程中总是会遇到很多的报错,我今天在使用prefetch下载数据时提示报错,所以我就查询了大量的信息,所以我就做了一些小总结。一般来说,下载数据出现报错,第一时间应该考虑是否是网络问题。

1.报错信息

报错提供了信息点:

无法获取到SRRid,即prefetch无法识别txt文件中给出的id信息

2.解决方案

(1)格式问题

有多种方法可以解决这个问题,最直接的就是把^M替换成空,但考虑到我们id样本的处理不会直接在终端进行,需要office等文本处理软件的参与,因此在从excel过渡到txt的过程建议复制粘贴,而不是将excel文件另存为txt文件,这样基本可以避免格式问题造成的prefetch错误。

(2)我们可以使用另一种下载方式。

可以选择另一个途径EBI下载

首先:进入官网https://www.ebi.ac.uk/ena ,搜索想下载的SRA号

然后右击,复制连接

 

最后使用代码进行下载,注意这个是下载一个文件的代码,这个代码有一定规律,下载时可以进行稍微的修改,以用于下载不同的文件。

ascp -QT -l 300m -P33001 -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh 
era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:vol1/srr/SRR772/009/SRR7722939 ./

下载完成是这样的 

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